Helgasjön har ingen vattendom som bestämmer hur flödena eller vattenstånden skall variera. Men även om vattendom saknas sköts reglering ändå ganska likartat från år till år. Det som begränsar hur sjön kan regleras är att delar av det södra utloppet är oreglerat och inte kan påverkas. Detta är den så kallade Kungsådran som är fredad från reglering på grund av viktiga arter av muslor och ???.

Parallellt med Kungsådran finns sjöns reglerade utlopp. Detta kan användas till att öka avtappning vid höga flöden och nivåer. I regel är denna kanal öppen under höst och vår för att avleda höstregn och snösmältning. På våren stängs sedan normal luckorna nästan helt och sjön får sköta sig själv via utflödet i Kungsådran.

Inflödet till sjön kan regleras vid dammen vid Åby, där även ett kraftverk finns. Alla dammluckor och kraftverk ägs och sköts av Växjö kommuns Tekniska förvaltning.

Regleringen innebär att sjöns ytan normalt är som högst under vintermånaderna och sedan under våren och sommaren sjunka allt mer. Lägsta vattenstånd nås normalt första veckan i oktober, för att sedan stiga igen.

I oktober är vattenståndet ofta 10-20 cm under medelvatten. På vintern är ofta vattenståndet 25-30 cm över medelvatten. Högsta vattenstånd de senaste åren inträffade i juli 2004 då rejäla skyfall orsakade översvämningar i hela sydvästra Sverige. Vattenståndet i Helgasjön nådde då 163.2 meter (60 cm över medelvattenytan). Och höjningen var dramatiskt då den skedda på bara ett par dagar.

Bland annat det ovan beskrivna tillfället ledde till att kommunen tog fram ett planeringsverktyg för kommande händelser. För stora delar av sjösystemet finns numera en beräkningsmodell som varje morgon räknar ut aktuella vattenstånd och flöden samt beräknar en prognos för de kommande 10 dagarna. Resultatet av dessa beräkningar är tillgängliga för allmänheten vi kommunens hemsida. Länk till beräkningarna: http://gis.vaxjo.se/floodwatch/